W roku 1784 powrócił do kraju, gdzie nic się nie zmieniło. Osiadł więc w swoim majątku, Siechnowicach, gdzie prowadził proste i surowe życie. Sytuacja zmieniła się jednak w roku 1791, kiedy to Sejm czteroletni (1788 – 1791) wprowadził zmierzające do poprawy stanu wewnętrznego państwa reformy wojskowe, skarbowe i władzy wykonawczej. 3 maja została także uchwalona nowa Konstytucja, na mocy której polska stała się nowoczesną monarchią konstytucyjną. Powołana wówczas Komisja Wojskowa zaczęła rozbudowywać armię, w której brakowało jednak oficerów. Otwarło to przed Kościuszką szansę na karierę wojskową również w Rzeczypospolitej, nie tylko poza jej granicami. 12 października 1789 otrzymał bowiem podpisaną przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego nominację na generała majora wojsk konnych, którą przyjął z wielką radością     W kraju jednak doszło do rozłamu. Część szlachty, rozumiejąc pobudki króla i sejmu stanęła po ich stronie, część zaś zawiązała sprzymierzając się z Rosją i carycą Katarzyną II konfederację targowicką, która w efekcie doprowadziła w roku 1792 do II rozbioru Polski. Polscy patrioci postanowili się jednak nie poddawać – rozpoczęli działalność spiskową mającą na celu wywołanie powstania, dzięki któremu kraj uwolniłby się spod obcego zaboru.
    Powstanie, zwane później od nazwiska jego głównego przywódcy Powstaniem Kościuszkowskim, wybuchło 24 marca 1794 roku. Do jednej z największych i najważniejszych bitew tego okresu doszło pod Racławicami, gdzie Kościuszko zaatakował i rozbił oddziały generała Tomasowa. Szczególnym męstwem wykazali się wówczas polscy kosynierzy, wojsko chłopskie, których charakterystycznym elementem uzbrojenia była osadzona na sztorc kosa. Na wieść o owym zwycięstwie wybuchło także powstanie pod wodzą Jana Kilińskiego w Warszawie, a kilka dni późnej na Litwie. Jednak w obliczu potężnych armii zaborców zryw polskich patriotów miał nikłe szanse powodzenia. W październiku 1794 pod Maciejowicami wojska Tadeusza Kościuszki poniosły klęskę w starciu z rosyjską armią generała Aleksandra Suworowa. Kościuszko dostał się do niewoli, powstanie zaś powoli dogorywając upadło ostatecznie 9 listopada.
    Rok później nastąpił ostatni III rozbiór Polski, po którym nasz kraj na dobre zniknął z mapy Europy. Tadeusz Kościuszko zmarł na emigracji w Szwajcarii w roku 1817. Po jego śmierci rodacy sprowadzili prochy bohatera i pochowali je w Katedrze na Wawelu w Krakowie, gdzie spoczywają królowie i najwybitniejsi Polacy.